אנחנו משתפים פעולה עם עמיתים בארץ ובחו"ל במטרה לקדם יוזמות חינוכיות מיוחדות, לפתח פדגוגיות חדשניות ולהעשיר ולשמר קהילה לומדת.
חלק ניכר משיתופי פעולה אלה הם במסגרת פרויקטים של האיחוד האירופי, כמענה לקולות קוראים המתפרסמים בעיקר בתחומי מדע וחברה. כך לקח המוזיאון חלק בפרויקטים כמו TWIST ו-היפטייה, יזם והוביל את פרויקט ENGINEER ומוביל בימים אלה את פרויקט Make it Open.
המוזיאון מפעיל גם פרויקטים שונים בתמיכת קרן ירושלים וקרנות נוספות, כדוגמת 'נעשה ונלמד', מעבדה ניידת למדע אזרחי וחוגים דו-לאומיים לילדים ולנוער.
מינהל חינוך ירושלים שותף למוזיאון לפרויקטים השמים במוקד תלמידים ותלמידות תושבי העיר, כדוגמת היתרון המדעי-עירוני ופרלמנט הנוער המדעי, בצד משרד החינוך התומך ב'תחרות מדענים ומפתחים צעירים'.
