מידי שנה מקיימת האגודה הישראלית להיסטוריה ופילוסופיה של המדעים כנס שנתי, המהווה מפגש בין חוקרים מן האוניברסיטאות ומוסדות המחקר השונים בארץ, מוזיאוני המדע, העיתונות והתקשורת; אנשי שטח מעבדה וספרייה; מדענים, אמנים ומחנכים. הכינוס הוא יום חגם של כל העוסקים בישראל במדע, בטכנולוגיה וברפואה בהקשרים ההיסטוריים, החברתיים, הפילוסופיים, הפוליטיים והתרבותיים שלהם.

בשלוש השנים האחרונות התקיים הכנס במוזיאון המדע ע"ש בלומפילד ירושלים.
הכנס השישי, 26 במרץ 2006
הכנס השביעי, 18 במרץ 2007
הכנס השמיני, 16 במרץ  2008