האוניברסיטה העברית היא גוף מייסד של מוזיאון המדע וחברה מוסדית בעמותת המוזיאון.

המוזיאון הוקם ופועל בחסות האוניברסיטה העברית - זוכה למטריה אקדמית, שיתוף פעולה ותמיכה לאורך השנים.

כחלק מהקמפוס המדעי לנוער בגבעת רם מתקיים שיתוף פעולה פורה בין המוזיאון והרשות לקהילה ולנוער של האוניברסיטה העברית ירושלים.

המוזיאון מקיים שיתוף פעולה מחקרי עם המחלקה להוראת המדעים באוניברסיטה העברית בביצוע של עבודות מוסמך ודוקטורט על נושאים מתחום עבודת המוזיאון. כמו כן משמש המוזיאון שדה מחקר לתלמידים ממחלקות שונות באוניברסיטה ובאקדמיה לאמנות בצלאל: מנהל עסקים, פסיכולוגיה ארגונית, תקשורת, עיצוב תעשייתי, עיצוב גרפי.